卓越工程师学院实行理事会领导下的院长负责制，由合肥工业大学担任理事长单位，邀请相关行业重点企业和专项联合培养单位担任理事单位。设立卓越工程师学院党委，全面加强党的领导，把握办学方向；学院设院长1人（由分管校领导兼任），执行院长1人（正处级），党委书记1人（正处级），副院长3人（副处级），党委副书记兼纪委书记1人（副处级），科长4人，一般工作人员6人。学院内设党政办公室、教学管理办公室、产教融合办公室和学生工作办公室4个科室。

党政办公室主要负责贯彻落实学校各项党政工作部署，协调做好学院各项党政事务；教学管理办公室主要负责工程硕博士招生、学籍管理、培养方案制定与实施、培养过程管理、统筹教学各环节安排、校企联合课程开发、教学资源建设与管理等工作；产教融合办公室主要负责整合校企资源，开展产教融合共同体建设、基地建设与管理、工程师技术中心建设等工作；学生工作办公室主要负责学生党支部建设、党员管理、学生思想政治教育等工作。成立卓越工程师学院学位评定分委员会，负责审定研究生培养方案、研究确定学位基本要求、预先审核学位授予等。