卓越工程师学院实行理事会领导下的院长负责制，由合肥工业大学担任理事长单位，邀请相关行业重点企业和专项联合培养单位担任理事单位。设立卓越工程师学院党委，全面加强党的领导，把握办学方向；学院设院长1人（由分管校领导兼任），执行院长1人（正处级），党委书记1人（正处级），副院长3人（副处级），党委副书记兼纪委书记1人（副处级），科长4人，一般工作人员6人。学院内设综合管理科、思政教育科、产教融合科和教学管理科等4个科室，综合管理科负责党建思政、日常行政事务、人事管理、财务管理等工作，思政教育科负责研究生的思想政治教育和日常管理等工作，产教融合科负责工程硕博士校企联合招生、校企课程建设、校企导师评聘、研究生联合培养基地建设等工作，教学管理科负责研究生学籍、培养与学位授予管理、国际合作交流等工作。成立卓越工程师学院学位评定分委员会，负责审定研究生培养方案、研究确定学位基本要求、预先审核学位授予等。