2010年8月学校入选全国“卓越工程师教育培养计划”首批试点高校，2011年获“全国工程硕士研究生教育创新院校”。

       2024年1月29日经学校第八届党委常委会第217次会议研究决定，成立合肥工业大学卓越工程师学院。

       2024年5月学校入选“工程硕博士培养改革专项”试点单位，与中国机械科学研究总院集团有限公司、中国航天科技集团有限公司、中国电子科技集团有限公司、中国电子信息产业集团有限公司、中国机械工业集团有限公司、中国钢研科技集团有限公司、中国中车股份有限公司、中国铁路通信信号股份有限公司、怀柔国家实验室9家央企达成工程硕博士联合培养合作意向。

       2024年7月30日经学校第九届党委常委会第1次会议研究决定，成立中共合肥工业大学卓越工程师学院委员会。

       2024年8月10日学校学位评定委员会审议，决定成立卓越工程师学院学位评定分委员会。

       2024年8月学校入选安徽省卓越工程师学院试点单位。

       2024年9月学校获批工业和信息化部工程硕博士培养新能源校企协同育人基地。