为服务国家重大战略需求，加强工程硕博士培养，合肥工业大学于2024年1月成立卓越工程师学院（Graduate College for Engineers，Hefei University of Technology），为学校独立二级办学机构。学院秉持“工程基础厚、工作作风实、创业能力强”的人才培养特色，面向国家急需领域和区域经济发展需求，构建“产教融合项目化、校企协同基地化、人才培养定制化、能力锤炼实景化”的卓越工程人才培养模式，培养深怀工业报国之志，具有突出技术创新能力，善于解决复杂工程问题，国际视野宽阔的卓越工程师。

学院入选安徽省卓越工程师学院试点单位，获批工业和信息化部工程硕博士培养校企协同育人基地。学院聚焦新一代智能制造、汽车产业链集群两大应用场景，依托机械、能源动力、电子信息等优势工科特色学科，联合中国机械总院、国机集团、中国电科、阳光电源、奇瑞汽车等企业，推进工程硕博士培养改革专项、教育部高等研究院专项、卓越工程人才专项任务，开展高层次工程硕博士培养，建设支撑国家重大工程和安徽省经济社会发展的高层次人才培养中心和创新高地。